礁の外側
外礁を過ぎると水深は急に深くなる。斜面には多くのサンゴが枝を広げ、礁の内側と同じように小魚もいるが、その周囲にはキントキダイやシマアジ、フエダイ、ハタなど大型魚が見られ、オニイトマキエイやシュモクザメなども姿を現す。
礁の内側
波が穏やかな礁の内側には多くの生物が生息する。ふだんは礁の外側に生息する大型魚が、産卵や採餌のために礁の内側へ入ってくることもある。
・爬虫類 - タイマイやアオウミガメなどのウミガメ類、エラブウミヘビやクロガシラウミヘビなどのウミヘビ類
・魚類 - スズメダイ、チョウチョウウオ、ベラ、ネンブツダイ、ハリセンボン、ウツボなど
・軟体動物 - シャコガイ、イモガイ、タカラガイ、ホラガイ、ヤコウガイ、コブシメ、テナガダコ、ヒョウモンダコなど
・甲殻類 - オトヒメエビ、カクレエビ類、イセエビ類、サンゴガニ、オウギガニ類など
・棘皮動物 - バイカナマコ、パイプウニ、ガンガゼ、オニヒトデ、クモヒトデなど
・刺胞動物 - サンゴ類、サンゴイソギンチャク、ソフトコーラル、クラゲ類など
赤土流出
陸での乱開発等により、陸上の土壌が海に流れ込むと、水が濁り、サンゴに光が当たらなくなるだけでなく、それが沈殿するとサンゴの表面に泥が貯まり、そのためにサンゴが窒息する場合もある。そのため、陸の側で貯水池を作り、泥土を沈殿させて除去する等の対策も行われている。しかし、熱帯や亜熱帯の土壌に特有のラテライト（赤土）には、沈殿しにくい極微小な粘土粒子が多量に含まれ、豪雨時などは容易に海へ流出する。そのため、広範囲のコーラル 天然石パワーストーンの通販・卸サイトの破壊の原因となっている。