形態によるもの
＜山入り水晶＞
一度結晶成長が止まり、再度結晶成長をしたもの。中の結晶と外側の結晶の間に不純物が入り込むと結晶の境界が目で確認できる。このため、中に含まれる結晶の頭部が山のように見える。ファントムクォーツ（幽霊水晶）とも呼ばれる。また、通常の山入り水晶の内包物は白色だが、緑色の場合もあり、こちらはグリーンファントムと呼ばれる。なお、中に含まれる結晶の頭部が1つではなく、複数の場合もあり、こちらは高価で取引される。
＜松茸水晶＞
成因は山入り水晶とほぼ同じだが、先に晶出した水晶の先端に外側の結晶が大きく成長し、まるでキノコのような形になった水晶。
＜日本式双晶＞
日本式双晶 (Japanese-twin) は2個の結晶がξ面（(1122) 面）を双晶面として84°33′の角度で接合した、多くハート形の双晶 (twin crystal)。双晶としては他にブラジル式、ドフィーネ式、エステレル式等各種が存在するが、その形態や名称からか日本式双晶の知名度が高い。
＜両錐水晶＞
結晶の両端の錐面ともに母岩に接さずに成長し、結晶成長が阻害されず模式の結晶形態に近い形態を表したもの。成因としては生育途中に母岩から脱落しそのまま成長した、等が考えられている。
変わり水晶
大別して、水晶の抱有物によるものと、形態によるものがある。
山梨県と水晶
日本では、山梨県での産出が有名である。県北部、甲府市近郊の金峰山一帯にはかつて、古くは武田氏の治世の金山に端を発するという幾つもの水晶鉱山が存在し、明治に入り近代化が行われた後には工学ガラスや珪石資源として盛んに採掘された。今日稼動している水晶鉱山は皆無であるものの、牧岡町に位置する乙女鉱山等では、産業遺産としての保存、活用への道が検討されている。
また、同甲府市では昇仙峡等の観光地で水晶の土産物が盛んに売られている。市内には日本で唯一の宝石博物館があり、国内最大級の白水晶を始めとした宝石が展示されている他、水晶の即売も行なわれている（ただし、国産は稀）。